Les variations hydro-climatiques et anthropiques actuelles et prévues dans le futur interrogent sur l’évolution de l’état écologique des cours d’eau. Il est donc crucial de développer des outils prenant en compte les dimensions quantitatives et qualitatives des ressources en eau. C’est le cas du système modulaire gradué proposé par l’Office fédéral de l’environnement. Cet article présente un retour d’expérience sur la mise en oeuvre de ce système, appliqué au Boiron de Morges, et sur sa capacité à identifier la variabilité spatio-temporelle des enjeux écologiques.