Alors que l’Afrique connaît depuis les indépendances des conflits armés de manière permanente, l’empreinte et les effets de ces violences sont rarement étudiés dans les travaux portant sur les dynamiques de la recherche scientifique sur le continent. La présente contribution s’intéresse au rôle et à l’impact des conflits armés comme un lieu d’observation et un des déterminants fondamentaux de la recherche en sciences de la santé en Afrique avec en toile de fond les questions suivantes : Quelles seraient l’importance et les fonctions de la recherche en sciences de la santé publique dans les contextes de conflits armés en Afrique contemporaine ? En d’autres termes, à quels (en)jeux cette recherche est-elle confrontée de nos jours ? Existent-ils des liens entre l’état de la recherche en sciences de la santé publique et les situations de conflits armés sur ce continent d’une part, et d’autre part à quels défis cette recherche fait-elle face dans ces contextes spécifiques (conflits armés latents, ouverts ou résolus) ? Et quelles réponses peuvent y être apportées ? Recourant à l’histoire immédiate, à la sociologie des organisations et aux expériences personnelles, nous dressons un panorama de ces conflits durant les cinquante dernières années afin d’en analyser les défis au plan épistémologique, méthodologique, politique et éthique. Les liens entre la recherche en sciences de la santé et les conflits ont été survolés dans une perspective synergique. Il s’agissait de montrer à la fois l’impact de ces conflits sur la recherche en sciences de la santé mais aussi les fonctions essentielles que celle-ci peut remplir dans la prévention et gestion de ces conflits comme les fonctions de diplomatie, d’information, de réhabilitation, de réparation, de protection et de plaidoyer. La conflictiologie africaine et la sociologie de sciences sur ce continent devraient explorer davantage ces synergies.